O Delegado João Manoel Lipinski assumiu a Corregedoria-Geral da Polícia Civil no Governo Esperidião Amim (1999 – 2002), durante a gestão do Secretário Luiz Carlos Schmidt de Carvalho (Promotor de Justiça), segundo consta, por indicação dos Delegados Wanderley Redondo, José Moacir Rachadel, do Coronel Sidney Pacheco (ex-Deputado Estadual) e do Deputado Júlio Teixeira. Foi designado para integrar a comissão responsável pela unificação das polícias, como representante da Polícia Civil. Pode-se dizer que demonstrava ter luz própria em razão do que pensava e defendia:

“Entrevista/João Manoel Lipinski – Corregedoria investiga 200 policiais no Estado – Corregedor-Geral revela que 20 integrantes da Polícia Civil serão demitidos até o fim do ano – Até o final deste ano 20 policiais civis (entre investigadores, comissários, escrivães e auxiliares de necrópsia) serão demitidos. Estes homens, que deveriam defender as leis, foram flagrados cometendo irregularidades no exercício da sua função. Outros 200 policiais estão sendo investigados. Este número representa um triste recorde nos últimos anos em Santa Catarina. Para se ter uma idéia, em 1997 apenas seis agentes foram afastados. No ano passado, este número subiu para sete. ‘Todos os 20 demitidos estavam envolvidos com algum tipo de corrupção’, salientou o corregedor-geral da Polícia Civil, delegado João Manoel Lipinski. Desde o início do ano no comando do órgão, que tem por função  orientar os policiais e corrigir  suas distorções, e há 28 anos nos quadros da Polícia Civil, Lipinski implantou ainda um programa de vistoria em delegacias e criou um grupo de investigadores para prevenir, apurar e punir os desmandos da corporação (...) Diário Catarinense – Como é o trabalho da Corregedoria da Polícia Civil? João Manoel Lipinski – Tem uma definição aí que eu não gosto muito. É a de que a Corregedoria seria a ‘polícia da polícia’. Eu não gosto muito desta definição porque, na realidade, nós não somos apenas a polícia da polícia, somos muito mais do que isso. A Corregedoria  é um órgão que tem por finalidade, em primeiro lugar, orientar o policial sempre que tiver alguma dúvida com relação a um dispositivo legal ou forma de agir. Em segundo plano, a Corregedoria tem a missão de fiscalizar. Nesta missão se vai até as delegacias verificar  como está o funcionamento, verifica-se  eventuais distorções e se corrige estas distorções. E a terceira missão é exatamente a de promover as apurações daqueles atos tidos por infracionais, contra o ordenamento jurídico que rege a Polícia Civil, que é o Estatuto da Polícia Civil (...). DC – Na sua opinião, quais são as principais causas de corrupção?  Lipinski – Eu acho que o Brasil é um país corrupto. Diariamente vocês da imprensa estão noticiando os casos mais absurdos. Quando se fala em corrupção policial, acho que o termo não está bem aplicado. Existe corrupção em todos os lugares do país, cada vez aparece mais” (DC, 17.10.99, pág. 42).

*Com os bons ventos políticos o Delegado Lipinski foi também nomeado professor da Academia da Polícia Civil para ministrar aulas de Procedimentos Policiais durante o transcorrer do ano de 2000 (Portaria n. 001/GEAR/DIAF/SSP, DOE n. 16.331, de 13.01.2000).